1.大脑皮质（Cor）：
主要由神经元的胞体及其突起、神经胶质细胞及神经纤维组成。其神经元都是多级神经元，按其细胞形态分为锥体细胞（PyC)、颗粒细胞和梭形细胞。大脑皮质的细胞构筑基本上是6层结构。在不同区域略有差异和特点。由表层向深层分为分子层、外颗粒层、外锥体细胞层、内颗粒层、内锥体细胞层、多形细胞层。
2.大脑海马：
海马（H）是大脑发育过程中较保守的区域。研究表明，其细胞分子机理是依赖于海马突触可塑性。海马根据细胞形态分为CA1、CA2、CA3、CA4区，通常情况下术语上的“海马结构”指的是齿回状和CA1~CA3部位，以及脑脚下。一般组织图片上多显示前3个区。
大鼠海马CA1区，大鼠海马CA2区；
COR/皮质、MED/髓质、H/海马、DG/齿回状、DIC/间脑、N/神经元、NC/胶质细胞、BV/血管。
1、小鼠脑解剖取材：
(1) 剥开头部皮肤暴露出颅骨。
(2) 在小脑后端与脊柱的间隙处插入剪刀，剪断颈椎骨，分离出颅骨。
(3)用解剖小剪刀沿颅顶骨中缝剪开，在嗅球处或大脑前半段可用手术刀轻轻划开。
(4) 揭开头顶部颅骨暴露出脑。
（5）用小剪剪断脑底部神经，轻轻剥离摘出脑组织，注意不要损伤组织。
（6） 取出完整脑组织后及时固定或速冻，防止细胞自溶。
「固定后取材」冠状面—常见切面及切面对应可观察部位：
「固定后取材」水平面：可同时观察嗅球，皮层，纹状体，海马，脑干，小脑等：
切片:
大、小鼠脑石蜡切片厚度一般为3μm。其脑内核团很多，根据研究目标确定取材部位。一般是取大致范围脑组织后，在切片过程中边切片边在显微镜下观察进行所需部位的定位切片。切片时需先粗修修出完整组织后再精修定位。前10张的切片由于容易出现细纹和裂片一般不予使用。
1、全脑缺血动物模型—模型成功的标志：大鼠应出现意识障碍，翻正反射消失。一般用TTC大体染色进行，TTC（2，3，5—氯化三苯基四氮唑）是脂溶性光敏感复合物，它是呼吸链中吡啶—核苷结构酶系统的质子受体，与正常组织中的脱氢酶反应而呈红色，而缺血组织内脱氢酶活性下降，不能反应，故不会产生变化呈现苍白色。
2、脑出血动物模型—病理学特点:出血侧半球肿胀、充血,血液流入蛛网膜下腔或破入脑室,严重者可见脑室移位、变形和脑疝形成。
以下示例为脑出血模型病理改变：
1、HE染色：观察组织基础形态：
2、神经元尼氏体染色（甲苯胺蓝染色）：主要观察尼式体
3、甘氨酸银染色：观察神经纤维
4、LFB 染色：观察髓鞘
5、组化染色（IBA-1）
6、组化染色（neun）
7、荧光染色（GFAP）
8、荧光染色（β-tublin）
1：测量分析：
分析结果采用数字切片扫描仪/显微镜进行图像采集。每张切片先于低倍下观察全部组织，再分别选取3个视野采集200/400倍显微图像。采用Image-ProPlus图像分析系统测定所采集全部图像的荧光强度和面积，并计算每张图像的平均荧光强度，数据以积分光密度（IOD）表示；每例样本的平均荧光强度为3张图像的平均荧光强度的平均值。如：
2：病理描述
采用数字切片扫描仪/显微镜进行图像采集。每张切片先于低倍下观察全部组织，再采集200、400倍显微图像各一张。
